日本农业生产占社会比重较低，约占 GDP 的 1.6%，但却是日本政府重点保护对象。日本农产品自给率总体很低，主要粮食除了大米基本自给外（自给率 95%），小麦、玉米、大豆等基本完全依赖进口。此次灾区是日本稻米主产区，稻米产量约占日本总产量的 35%，受海啸影响，部分耕地将遭遇盐碱化，依盐碱化程度不同将导致水稻无法生长或者严重减产，去盐碱化需要 5 年以上时间；同时由于核污染将导致当地产稻米难以为人们接受，这将导致日本稻米长期大量进口，根据历史经验国际大米价格将会大幅上升，并将长期维持高位。中国粮食中只有大米是净出口，且 27%的份额出口到日本，日本稻米进口增加以及国际大米涨价将使国内大米价格有上涨动力，国内稻谷生产加工企业北大荒、金健米业，国内水稻种子企业隆平高科、丰乐种业将间接受益。

日本重灾区也是重要的渔业养殖及渔港所在地，重灾区四县水产品产量约占国内总产量的 16%；整个灾区水产品产量占全国 30%，养殖业占全国的 35%。此次海啸对渔业养殖造成严重破坏，渔业基础设施的恢复重建还需假以时日；该地区是日本虾夷扇贝的主要产地，集中了日本几乎全部的生产，年产量 55 万吨，不但供应国内需要，还大量出口，受此灾害影响其产量以及国际供应能力严重受损，国际虾夷扇贝类及其他水产品价格将上涨。

由于日本核泄漏事件持续超越国际预期，前景扑朔迷离，已经对当地海水、土壤造成严重污染，对其他国家海水水域造成的污染还难以评估，如果随着海水污染加重以及逐步向其他地区扩散，我国沿海水产养殖是否会遭受污染还无法判定，如果核污染实质性影响到我国沿海，则将对我国海水养殖业造成重大损失。

重点推荐大湖股份、山下湖、、隆平高科、丰乐种业、北大荒。